士郎得知慎二是御主后，為了保護(hù)櫻，讓櫻搬入了衛(wèi)宮家。在相處過(guò)程中，士郎逐漸對(duì)櫻產(chǎn)生了深厚的感情，而櫻也向士郎表達(dá)了自己的愛(ài)意。

慎二對(duì)士郎心生嫉妒，挾持了櫻，命令士郎獨(dú)自去學(xué)校，并試圖讓Rider與士郎對(duì)戰(zhàn)，企圖置士郎于死地。

在戰(zhàn)斗中，Rider故意放水，士郎與趕來(lái)的凜和Archer成功救出了櫻。在慎二逃跑時(shí)，櫻的耳環(huán)灑出媚藥，刺激了她體內(nèi)的刻印蟲(chóng)，眾人因此得知櫻才是間桐家的真正御主，以及她過(guò)去11年間所遭受的凌辱和待。

櫻通過(guò)魔術(shù)攻擊自己以停止暴走，隨后被送到教會(huì)治療。士郎和凜為是否要?dú)⑺罊讯鵂?zhēng)執(zhí)時(shí)，櫻打破窗戶(hù)逃跑，后來(lái)被士郎找到。士郎向櫻承諾只當(dāng)她一個(gè)人的正義伙伴。

由于身體被改造為偽圣杯，在吸收英靈的過(guò)程中，櫻作為人的機(jī)能逐漸喪失?！按耸廊恐異海ò哺缋~）”也影響著櫻，讓她在夜晚睡著后以夢(mèng)游的形式出外襲擊路人。

被士郎這個(gè)“不想失去的人”選中時(shí)，櫻積壓的負(fù)面情感爆發(fā)，促使“此世全部之惡（安哥拉曼紐）”的成長(zhǎng)。在夢(mèng)游期間，她吞噬了試圖殺她的吉爾伽美什。因無(wú)法控制吉爾伽美什，同時(shí)害怕如果不趕快消化會(huì)被咬破，櫻馬上把他變換成了魔力。由于吞進(jìn)了巨大魔力，櫻的狀態(tài)就像決堤一樣惡化。

櫻決定回到間桐宅解決一切。剛回家就遇到慎二，在試圖再次侵犯櫻時(shí)被櫻親手殺死。櫻的內(nèi)心毫無(wú)波動(dòng)，只覺(jué)得很開(kāi)心，認(rèn)為自己從一開(kāi)始就是瘋狂的，不再壓抑，接受了“此世全部之惡（安哥拉曼紐）”的力量徹底黑化。

黑化后受臟硯命令到衛(wèi)宮宅抓走伊莉雅。在救出伊莉雅后，黑櫻破壞綺禮的黑泥心臟，但由于剛好擊殺黑Berserker，綺禮趁機(jī)逃脫。晚上黑櫻出現(xiàn)在衛(wèi)宮宅告訴凜只要士郎在冬木市她就會(huì)忍耐，但要?jiǎng)C帶士郎遠(yuǎn)離此處。

在柳洞寺地下的大圣杯前，黑櫻背叛臟硯，殺死真Assassin，并將寄生在心臟的臟硯本體捏死。隨著圣杯的完成，“此世全部之惡（安哥拉曼紐）”即將降臨。最終士郎和凜、Rider趕往柳洞寺地下試圖救出櫻。黑化Saber出現(xiàn)攔住了士郎和Rider。

偽Assassin（即佐佐木小次郎）的登場(chǎng)，Caster和葛木宗一郎，以及金閃閃的亮相，幾乎是在還未完全展示他們的面孔時(shí)就迅速落幕了……此刻，我們只能默默哀悼。

櫻的角色轉(zhuǎn)變?yōu)榻K極大反派也引發(fā)了諸多爭(zhēng)議。Saber被黑泥所污染，變成了主角一方的敵人，最終被士郎親手擊敗。這其中還有一段插曲，那就是如果不選擇殺死黑化的Saber，就會(huì)被黑櫻送往老虎道場(chǎng)。這樣的情節(jié)，讓許多玩家感到被欺騙了感情。

在戰(zhàn)斗部分，HF線的看點(diǎn)頗多。例如真Assassin的出色表現(xiàn)（盡管依舊未能給人留下深刻印象）。言峰綺禮與暗殺者的單挑，洗禮詠唱對(duì)滅蟲(chóng)爺?shù)膽?zhàn)斗場(chǎng)面，士郎移植了紅A的手臂后，用投影技術(shù)射殺百頭并擊敗了黑化Berserker。還有Rider在士郎的協(xié)助下，與黑Saber的寶具展開(kāi)了激烈的對(duì)決。凜用寶石劍的第二法與小圣杯黑化櫻進(jìn)行了對(duì)決等。

Bad End38中的士郎與黑Saber的對(duì)戰(zhàn)也一直為人們所津津樂(lè)道。士郎使用了鶴翼三連的招式，兩人決戰(zhàn)至兩敗俱傷，不共戴天。這種緊張刺激的戰(zhàn)斗場(chǎng)面，讓人們對(duì)這個(gè)故事產(chǎn)生了更多的關(guān)注和討論。