如何使用geo數(shù)據(jù)庫(kù)mirna

1、Getting GSE Series Matrix files as an ExpressionSet GEO Series是一套實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)的 *** ，有SOFT，MINiML格式文件，以及一個(gè) Series Matrix File（s）文本。

2、② 運(yùn)行步驟1生成的sql腳本，導(dǎo)入數(shù)據(jù)到數(shù)據(jù)庫(kù)。使用psql程序運(yùn)行腳本。假定PostgreSQL安裝路徑為默認(rèn)，那么單擊windows開(kāi)始菜單、運(yùn)行、輸入cmd、回車。

3、篩選PTC中潛在的circRNA，GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中查找甲狀腺乳頭狀癌相關(guān)的數(shù)據(jù)集，最終找到GSE93522。通過(guò)GEO2R在線差異分析工具進(jìn)行差異分析，此處組別的設(shè)置為：（正常vs良性）；（正常vs惡性）。

如何獲得miRBase中所有的成熟miRNA的序列信息?

如何在數(shù)據(jù)庫(kù)里面找到疾病相關(guān)的microrna表達(dá)情況：好像還沒(méi)有這樣的數(shù)據(jù)庫(kù)。癌癥比較復(fù)雜，microRNA在癌癥中的表達(dá)譜差別比較大，各階段、各類型、甚至個(gè)體之間也有差別，結(jié)論也不完全統(tǒng)一。

MicroRNAs（miRNAs）是在真核生物中發(fā)現(xiàn)的一類內(nèi)源性的具有調(diào)控功能的非編碼RNA，目前發(fā)現(xiàn)的數(shù)量就那么幾條，從基因組DNA上轉(zhuǎn)錄下來(lái)，經(jīng)過(guò)兩次剪接，成為成熟的MiRNA。給你三個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)和軟件：miRbase：microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。

miRbase 眾所周知的microRNA基因注釋數(shù)據(jù)庫(kù)。目前miRBase只提供了microRNA的靶標(biāo)的預(yù)測(cè)軟件的鏈接（如：PicTar）。最新版本發(fā)布時(shí)間：2010年9月。

mirbase數(shù)據(jù)庫(kù)不能用哪種方式檢索

中國(guó)知網(wǎng)檢索不能按照什么進(jìn)行檢索如下：專業(yè)檢索：專業(yè)檢索用于圖書情報(bào)專業(yè)人員查新、信息分析等工作，使用運(yùn)算符和檢索詞構(gòu)造檢索式進(jìn)行檢索。在專業(yè)檢索頁(yè)面的右側(cè)，提供了可檢索字段、示例。

期刊瀏覽：列出此數(shù)據(jù)庫(kù)中所有期刊的信息，可以根據(jù)某個(gè)期刊的信息進(jìn)行搜索。引證關(guān)系檢索：可以查看文獻(xiàn)之間的引用關(guān)系，例如某篇文獻(xiàn)被多少其他文獻(xiàn)引用。

mirbase顯示一直在搜索中的原因是網(wǎng)絡(luò)不好。網(wǎng)絡(luò)不好會(huì)導(dǎo)致mirbase搜索的東西加載不出來(lái)，從而顯示一直在搜索中，可以等網(wǎng)絡(luò)好的時(shí)候重新嘗試。mirbase是一個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，管理用戶所需要的各種數(shù)據(jù)。

數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)容：不同版本的MiRBase包含不同的數(shù)據(jù)集和信息，一些版本包括更多或更少的物種數(shù)據(jù)，或者更新的基因注釋和變異信息。

網(wǎng)絡(luò)延遲。mirbase顯示一直在搜索中，是因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)延遲的問(wèn)題，該數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)速需求量比較大，占用網(wǎng)速較多。mirbase數(shù)據(jù)庫(kù)，數(shù)據(jù)管理不再僅僅是存儲(chǔ)和管理數(shù)據(jù)，而轉(zhuǎn)變成用戶所需要的各種數(shù)據(jù)管理的方式。